Οι προτάσεις υποβάλλονται ηλεκτρονικά από τις 29-07-2010 μέχρι τις 12-01-2011 ώρα 14:00, μέσω των δικτυακών τόπων του Ενδιάμεσου Φορέα Διαχείρισης του ΕΠΑΝ ΙΙ (ΕΦΕΠΑΕ) και του ΥΠΟΙΑΝ - www.ypoian.gr, www.ggb.gr, www.antagonistikotita.gr, www.espa.gr, www.ependyseis.gr/mis και www.efepae.gr.

Μετά τη λήξη της ημερομηνίας της ηλεκτρονικής υποβολής των προτάσεων, που ορίζεται κατά την Προκήρυξη του Προγράμματος δεν γίνεται αποδεκτή καμία υποβολή πρότασης. Οι Προτάσεις (Φάκελοι Υποψηφιότητας) πρέπει υποχρεωτικά να υποβληθούν και σε έντυπη μορφή (ένα αντίγραφο), το αργότερο σε επτά (7) ημέρες (ημερολογιακές) μετά την καταληκτική ημερομηνία ηλεκτρονικής υποβολής των προτάσεων, σε έναν από τους εταίρους του ΕΦΕΠΑΕ ανάλογα με τον τόπο υλοποίησης της επένδυσης, με βάση την περιφερειακή αρμοδιότητά του καθένα καθώς και στα συνεργαζόμενα με τον ΕΦΕΠΑΕ Τραπεζικά Ιδρύματα και Αναπτυξιακούς Φορείς όπως αναλυτικά αναφέρονται στον οδηγό του προγράμματος.
Για να θεωρηθεί ότι η διαδικασία παραλαβής ολοκληρώθηκε εμπρόθεσμα, θα πρέπει η ηλεκτρονική υποβολή να ολοκληρωθεί πριν την καταληκτική ημερομηνία και ώρα υποβολής προτάσεων και να έχει πραγματοποιηθεί η υποβολή / αποστολή του Φακέλου υποψηφιότητας, μέσα στα χρονικά περιθώρια που ορίζονται.
Στην περίπτωση αποστολής, ως ημερομηνία υποβολής θεωρείται η ημερομηνία που αναγράφεται στη σφραγίδα αποστολής ταχυδρομείου (ΕΛΤΑ - συστημένη αποστολή) ή στο παραστατικό αποστολής της εταιρείας ταχυμεταφοράς, η οποία θα πρέπει να είναι ευδιάκριτη. Η απόδειξη αποστολής των ΕΛΤΑ ή της εταιρείας ταχυμεταφοράς θεωρείται αποδεικτικό στοιχείο εμπρόθεσμης υποβολής. Αντίστοιχα, οι Προτάσεις που θα αποσταλούν μετά την παραπάνω ημερομηνία θεωρούνται εκπρόθεσμες και δεν αξιολογούνται. Ο ενδιαφερόμενος ενημερώνεται εγγράφως με σχετική επιστολή από τον ΕΦΕΠΑΕ.