Ολοκληρωμένες αυτοτελείς παρεμβάσεις που αντιστοιχούν σε καθεμία από τις 13 Περιφέρειες της χώρας. Μαζί με τα τομεακά εθνικά προγράμματα συνθέτουν το KΠΣ. Τα ΠEΠ είναι πολυτομεακά προγράμματα, καλύπτουν δηλαδή όλους τους τομείς της οικονομίας, και πολυταμειακά, δηλαδή συγχρηματοδοτούνται από τα τρία Διαρθρωτικά Ταμεία της Κοινότητας (ETΠA, EKT, EΓTΠE / Π) και το XMΠA.